1、生理因素：结肠、直肠为运送食物残渣，存留粪便的主要器官，而食物经体内分解吸收后，残渣中常带有大量有害物质，长期滞留在结肠直肠中，可诱发肿瘤。
2、解剖因素：肛门直肠部有大量特殊性结构，如肛门隐窝、肛门腺、肛乳头、直肠瓣和特殊的血管构造。直肠静脉中缺少静脉瓣，血液易于瘀积。门静脉系和腔静脉系在直肠下端，有许多静脉丛和吻合枝，静脉壁薄弱，对压力的抵抗力减低，直肠粘膜下组织疏松，有利于静脉扩大曲张，容易形成痔。
3、遗传因素：因遗传基因的缺陷，可产生多发性结肠息肉，p-j综合征（黑色素斑-结肠息肉病）等遗传性肛肠疾病。
4、胚胎发育异常因素：肛门直肠部是人体在胚胎发育过程中内胚层与外胚层相互融合而成，如发育过程异常，可在肛门直肠部产生许多先天性肛肠疾病，如先天性无肛症、先天性直肠阴道（尿道）瘘、先天性巨结肠等。
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